广州分院为中科院机关派出机构，联系中科院在广东的南海海洋研究所、华南植物园、广州能源研究所、广州地球化学研究所、广州生物医药与健康研究院、深圳先进技术研究院、广州化学有限公司、广州电子技术有限公司，在湖南的亚热带农业生态研究所，在海南的深海科学与工程研究所。此外，依托广州分院的非法人单元有3个：广州中科院工业技术研究院、中科院云计算产业技术创新与育成中心、佛山中科院产业技术研究院。在建或筹建的国家重大科技基础设施项目4个，如中国散裂中子源工程、江门中微子实验项目等。

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广州能源所定位是新能源与可再生能源领域的研究与开发利用，主要从事清洁能源工程科学领域的高技术研究，并以后续能源中的新能源与可再生能源为主要研究方向，兼顾发展节能与能源环境技术，发挥能源战略的重要支撑作用。近期目标：在生物质能源高值化转化与规模化利用，分布式可再生能源独立系统应用示范2个方向实现重大突破；在天然气水合物成藏理论与开发研究，海洋能/深层地热规模化发电关键技术，太阳能直接利用功能材料及关键技术，低碳发展及能源战略研究4个方向重点培育方向取得重大进展。

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中国科学院沈阳分院是中国科学院的派出机构,负责协助院党组领导和指导中国科学院在辽宁省和山东省的研究所有关工作，是连接院机关和研究所的桥梁纽带，区域科技管理和服务的中心。

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