广州分院为中科院机关派出机构，联系中科院在广东的南海海洋研究所、华南植物园、广州能源研究所、广州地球化学研究所、广州生物医药与健康研究院、深圳先进技术研究院、广州化学有限公司、广州电子技术有限公司，在湖南的亚热带农业生态研究所，在海南的深海科学与工程研究所。此外，依托广州分院的非法人单元有3个：广州中科院工业技术研究院、中科院云计算产业技术创新与育成中心、佛山中科院产业技术研究院。在建或筹建的国家重大科技基础设施项目4个，如中国散裂中子源工程、江门中微子实验项目等。

中国科学院沈阳分院是中国科学院的派出机构,负责协助院党组领导和指导中国科学院在辽宁省和山东省的研究所有关工作，是连接院机关和研究所的桥梁纽带，区域科技管理和服务的中心。